Tras su derrota en la Batalla de Vitoria, el ejército francés llega a Pamplona perseguido de cerca por las tropas inglesas del General Picton, que llegan a sus puertas el 22 de junio. Tres días después, el rey intruso José I sale de la ciudad camino de Francia. Los británicos bloquean el camino de Roncesvalles, a través del cual el grueso de sus tropas persiguen a los invasores. En la capital navarra queda una fuerza de alrededor de 3.500 hombres al mando del General Louis Pierre Jean Aphrodise Cassan, Barón del Imperio desde el 15 de agosto de 1810 y en España desde 1812.
Previendo un largo asedio y con no excesivas fuerzas bajo su mando para poder defenderlos, el francés ordena la demolición de los fuertes del Príncipe y del Infante. Así, toda la guarnición queda dentro de la Ciudadela que con engaños habían rendido el 16 de febrero de 1808.
Los ingleses de Picton comienzan las obras de sitio, levantando baterías en Mendillori, Mutiloa, Cordovilla, Baranaíny Santa Lucía. A mediados del mes siguiente los británicos son sustituidos por el Ejército de Andalucía del General O’Donell, unos 15.000 hombres. Los ingleses se llevan con ellos las piezas de artillería, que son reclamadas para la toma San Sebastián. Por ello, se limitan a cercar la ciudad.
A principios de agosto O’Donell se ve reforzado por tropas llegadas de Galicia del General Carlos España (curiosamente nacido en Foix, Francia, como Roger-Bernard-Charles d’Espagne de Ramefort), que toma el mando del asedio.
El 25 de Agosto, en un intento desesperado por liberar la ciudad del sitio, Soult cruza la frontera con 15.000 hombres y se dirige hacia Pamplona. El 27 llega a la población de Souraren, muy cerca de la ciudad. Cassan intenta una salida para contactar con Soult que pese a abrirse camino en primer momento, es finalmente abortada por tropas gallegas y asturianas que los devuelven de nuevo al interior de la ciudadela.
Mientras, Soult se ve frenado en Souraren por las tropas aliadas de Wellington y el General Cole, a las que en la mañana del 28 se unen las del General Pakenham y el 29 la brigada de Lord Dalhousie. Finalmente Soult no consigue su objetivo y desiste de su intento de llegar a Pamplona.
El 9 de septiembre, una vez rendida ya San Sebastían, Cassan intenta una nueva salida, decidido a no rendir la ciudadela y lograr la huida. Durante esta salida es herido y apresado junto a otros oficiales y soldados el General Carlos España. Y no es la única salida, ya que intentará en varias ocasiones la fuga sabedor de que está completamente sólo y que no puede esperar recibir ningún tipo de ayuda.
Al mismo tiempo, las tropas de Espoz y Mina (navarros en su mayoría) se muestran sumamente descontentas por su ausencia en el sitio de la capital. En sus propias palabras,
«mis voluntarios se resentían de que se les privara de la gloria de hacer rendir la plaza de Pamplona, cuando tantas fatigas y sangre les había costado el conservar el riguroso bloqueo que sufría hacía mucho tiempo, y se creían con un derecho de coronar la obra y adornar su frente con el laurel de su reconquista; y yo participaba también, lo confieso francamente, del mismo sentimiento».
Así, Espoz y Mina envía a su 2º Regimiento a Pamplona, ocupando «la derecha del punto de Villaba, en el pueblo de Huarte», donde permanecería hasta el final del sitio.
Cassan intenta una nueva salida el 9 de octubre, dejando todo listo para volar la ciudadela y sus defensas tras de él. Pero vuelve a fracasar dejando de nuevo un buen número de bajas en el intento. Enterado O’Donell de las intenciones de Cassan, le conmina a desistir, advirtiéndole que no podría esperar escapar ni recibir ayuda dado que la ciudad se hallaba completamente rodeada y los pasos fronterizos asegurados. Así mismo le advierte que él y sus oficiales serán pasados a cuchillo y su guarnición diezmada si persistía en su actitud. Pero Cassan no cede y resiste.
Fotografía: Ayuntamiento de Pamplona
El día 24, con los víveres escaseando y la guarnición sufriendo enfermedad y hambre, Cassan intenta una capitulación honrosa y poder regresar a Francia. Pero es demasiado tarde y Wellington rehúsa: Exige una rendición incondicional, marchando toda la guarnición presa a Inglaterra. Ante la negativa aliada, se rompen las negociaciones. Pero pasados unos días Cassan reflexiona y asume lo insostenible de su situación. El día 31 rinde la plaza. Al día siguiente, 1 de noviembre, los españoles toman la ciudadela donde encuentras a una guarnición famélica, 800 heridos y más de 1.000 enfermos. En total, la guarnición francesa ha sufrido alrededor de 500 bajas durante el asedio. Pamplona es liberada
La reconquista de la capital navarra marca el fin de la presencia francesa en tierras españolas. El fin de la contienda está cada vez más cerca…